O principal objetivo do Enem é avaliar o desempenho do aluno ao término da escolaridade básica, para aferir desenvolvimento de competências fundamentais ao exercício pleno da cidadania. Desde a sua concepção, porém, o Exame foi pensado também como modalidade alternativa ou complementar aos exames de acesso aos cursos profissionalizantes pós-médio e ao ensino superior, com a adesão das INSTITUIÇÕES DE ENSINO para o uso dos resultados do Enem como componente dos seus processos seletivos.
O Enem tem como meta possibilitar a participação em programas governamentais de acesso ao ensino superior, como o PROUNI, por exemplo, que utiliza os resultados do Exame como pré-requisito para a distribuição de bolsas de ensino em instituições privadas de ensino superior.
O Enem busca, ainda, oferecer uma referência para auto-avaliação com vistas a auxiliar nas escolhas futuras dos cidadãos, tanto com relação à continuidade dos estudos quanto à sua inclusão no mundo do trabalho. A avaliação pode servir como complemento do currículo para a seleção de emprego.